Hola, es probable que dependiendo como instalaste Windows en esos discos los archivos de arranque de una instalacion no quedaran en el mismo y por ello depende del otro para iniciar, en este caso es probable que el IDE contenga particion primaria con los archivos de arranque y el SATA solo una instalacion de Windows o esté con partición extendida.
Anda a Panel de Control > Herramientas administrativas > Administracion de Equipos > Administrador de Discos ... toma una captura de pantalla, subela a algun host de imagenes y posteala acá para ver como estan tus discos.
~saludos


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Pero responderé de todas las maneras que entendí;







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