Cotización - Ayuda PC/Servidor para bioinformática
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Tema: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

  1. #1
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    Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Estimados.

    Con un presupuesto de 2 millones, que computador se puede comprar que sea optimo para calculo de simulaciones de Bioinformática? Estas simulaciones son aplicaciones que corren por terminal de OSX o Linux y chupan demasiada CPU y Memoria Ram (No GPU).

    La idea es comprar un producto listo, no armar un pc.

    Mis conocimientos para armar PCs Gamers no sirven en este caso, necesito ayuda de los veteranos que cachan mas de Servidores y computo mas serio.

    Saludos.

  2. #2
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por Z-Link Ver mensaje
    Estimados.

    Con un presupuesto de 2 millones, que computador se puede comprar que sea optimo para calculo de simulaciones de Bioinformática? Estas simulaciones son aplicaciones que corren por terminal de OSX o Linux y chupan demasiada CPU y Memoria Ram (No GPU).

    La idea es comprar un producto listo, no armar un pc.

    Mis conocimientos para armar PCs Gamers no sirven en este caso, necesito ayuda de los veteranos que cachan mas de Servidores y computo mas serio.

    Saludos.
    Pasó previo...
    Qué software usan,?
    usan coprocesamiento con Cuda, Opencel, physics, etc?

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  3. #3
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por cristianhcd Ver mensaje
    Pasó previo...
    Qué software usan,?
    usan coprocesamiento con Cuda, Opencel, physics, etc?

    Enviado desde mi Redmi Note 4 mediante Tapatalk

    Eso, es super necesario conocer el software.

    Cuando dices chupa mucho cpu y ram, es super relativo, hay programas que se benefician de las altas frecuencias e ipc (cpu Intel 1151 v2) o de muchos núcleos (amd tr4).

    Debes ser más específico.

  4. #4
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Tienen razon, la aplicacion que usa generalmente es NAMD NAMD - Scalable Molecular Dynamics y para visualizar usan VMD VMD - Visual Molecular Dynamics, actualmente lo estan corriendo sobre puros MAC, el macbook de mi polola y un mac de escritorio en la universidad, la idea es comprar un equipo que dedicado a esta pega (Con alguna distro de Linux).


    Estaba cachando que esa aplicacion se beneficia de Cuda, lo que al parecer podría cambiar completamente la orientacion del PC.

    https://www.nvidia.com/en-us/data-ce...ications/namd/
    Última edición por Z-Link; 10/08/2018 a las 10:37 Razón: Comentario sobre CUDA

  5. #5
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por Z-Link Ver mensaje
    Tienen razon, la aplicacion que usa generalmente es NAMD NAMD - Scalable Molecular Dynamics y para visualizar usan VMD VMD - Visual Molecular Dynamics, actualmente lo estan corriendo sobre puros MAC, el macbook de mi polola y un mac de escritorio en la universidad, la idea es comprar un equipo que dedicado a esta pega (Con alguna distro de Linux).
    Antes de hacer el análisis...
    Un Mac aunque tenga soporte es una mierda, porque simplemente necesitas uno demasiado caro para cualquier cosa, porque prefieren verde bien y no entregarte el mejor fierro


    Namd dice que funcIona acelerado por nvidia
    https://www.nvidia.com/en-us/data-ce...ications/namd/

    Vdm funciona mejor con Cuda, nuevamente Nvidia
    http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/cuda.html

    Por lo que puedes montar un excelente equipo con una Nvidia Tesla y relajar el uso de cpu, allí mismo indican los requerimientos de ram

    También viendo el panorama, debería ser un equipo Linux o Windows, porque así aprovechas en hardware

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  6. #6
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por cristianhcd Ver mensaje
    Antes de hacer el análisis...
    Un Mac aunque tenga soporte es una mierda, porque simplemente necesitas uno demasiado caro para cualquier cosa, porque prefieren verde bien y no entregarte el mejor fierro


    Namd dice que funcIona acelerado por nvidia
    https://www.nvidia.com/en-us/data-ce...ications/namd/

    Vdm funciona mejor con Cuda, nuevamente Nvidia
    VMD 1.9.3 CUDA Acceleration Notes

    Por lo que puedes montar un excelente equipo con una Nvidia Tesla y relajar el uso de cpu, allí mismo indican los requerimientos de ram

    También viendo el panorama, debería ser un equipo Linux o Windows, porque así aprovechas en hardware

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    Con el aceleramiento por GPU se le abarata la cosa, yo haría pruebas con una GPU barata tipo GTX 970 y luego me pegaría el salto a una 1080 Ti o Titan.

    Aún no veo bien los links, a ver si más tarde le agrego algo más a este post.

  7. #7
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Si, este finde hare pruebas con mi PC en la casa, tengo GTX1070. El tema es que quieren un PC listo, no tener que armar uno, sin embargo no se si venderan aqui pc's listos con nvidia Tesla para ese uso, en todo caso puede que cambien de idea al ver los resultados y consideren algo mas custom que oem.

  8. #8
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por Z-Link Ver mensaje
    Si, este finde hare pruebas con mi PC en la casa, tengo GTX1070. El tema es que quieren un PC listo, no tener que armar uno, sin embargo no se si venderan aqui pc's listos con nvidia Tesla para ese uso, en todo caso puede que cambien de idea al ver los resultados y consideren algo mas custom que oem.
    Otra cosa... Pagarán todo con una boleta? Recuerda que ese tipo de adquisiciones de hacen por chilecompra, y puede ser un infierno
    Ojo allí... Porque el armado, se puede hacer en minicompras, y aunque es más lento, puedes usar la caja chica

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  9. #9
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    los resultados de epyc y xeon para ese programa

    https://www.anandtech.com/show/11544...-the-decade/21

    tomando en consideracion los precios de los cpu de las comparativas

    Precio intel 8176 8700 28/56 cores/threads
    Precio epyc 7601 4200 32/64 cores/threads

    Tu mejor opcion precio rendimiento según yo seria un Threadripper 16/32 + un gpu nvidia 1070Ti. Problema es que aca en chile dificil encontrar un tarro que venga listo con esa config. Tendrias que comprar en una tienda que tenga servicio de "armado" y sea decente.

  10. #10
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por Soujiro Ver mensaje
    los resultados de epyc y xeon para ese programa

    https://www.anandtech.com/show/11544...-the-decade/21

    tomando en consideracion los precios de los cpu de las comparativas

    Precio intel 8176 8700 28/56 cores/threads
    Precio epyc 7601 4200 32/64 cores/threads

    Tu mejor opcion precio rendimiento según yo seria un Threadripper 16/32 + un gpu nvidia 1070Ti. Problema es que aca en chile dificil encontrar un tarro que venga listo con esa config. Tendrias que comprar en una tienda que tenga servicio de "armado" y sea decente.

    Na que eeeerrrrssss

    OP, busca acá https://www.pugetsystems.com/search.php?query=Namd


    Ahora di cuantas GPU montaras para recomendar cpu y placa

  11. #11
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Amigo le comento.
    1) Por 2 palos va a quedar corto de presupuesto en cosa de querer un pc bueno para simulaciones ya que los presupuestos para estas cosas son exorbitantes.
    2) Lo mismo que la gente anterior, el comprar un pc armado cuesta bastante por las especificacions que pide.
    3) un tip para buscar seria buscar algun pc con tarjetas Quadro ( Las tesla son mas para servidores y el presupuesto se iria volando) .Mas que nada por que las memorias vienen con corrección de errores que para el tema de cálculos y simulaciones siempre es bueno considerar.
    4) https://www.winpy.cl/venta/workstati...rpm-win10-pro/ em winpy venden "workstation" que son maquinas mas para trabajar que de juego y tienen esa armada a un precio cercano a lo que dijiste. Viene con una Quadro P2000 que no me tinca mucho por tener pocos nucleos cuda ( 1024 nucleos) por que que puedes tomar como referencia y tratar de armar algo similar con otra quadro de gama mas alta ( La cuadro p5000 tiene 2560 nucleos, la misma cantidad que una Gtx 1080) .

  12. #12
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por El Aparecido Ver mensaje
    Na que eeeerrrrssss

    OP, busca acá https://www.pugetsystems.com/search.php?query=Namd


    Ahora di cuantas GPU montaras para recomendar cpu y placa
    Pa variar estas dando la hora debido a tu favorito Intel, de las mismos links que pusistes tienes esto

    https://www.pugetsystems.com/labs/hp...0Ti-GPUs-1124/

    En resumen una sistema dual xeon 8180 (un cpu muy similar al de la comparativa que te puse antes) no tiene la potencia requerida para alimentar mas de 2 GTX1080TI, con lo cual no vale la pena poner mas de una gpu por procesador, es tirar la plata debido a que no escala bien por falta de potencia en el cpu.

    Con el presupuesto que el tiene en TTchile pude que le alcance justito para un Threadripper (basicamente un epyc capado) 16/32, 16gb de ram y una gtx 1080, no se si le alcanza para la TI.

  13. #13
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por Soujiro Ver mensaje
    Pa variar estas dando la hora debido a tu favorito Intel, de las mismos links que pusistes tienes esto

    https://www.pugetsystems.com/labs/hp...0Ti-GPUs-1124/

    En resumen una sistema dual xeon 8180 (un cpu muy similar al de la comparativa que te puse antes) no tiene la potencia requerida para alimentar mas de 2 GTX1080TI, con lo cual no vale la pena poner mas de una gpu por procesador, es tirar la plata debido a que no escala bien por falta de potencia en el cpu.

    Con el presupuesto que el tiene en TTchile pude que le alcance justito para un Threadripper (basicamente un epyc capado) 16/32, 16gb de ram y una gtx 1080, no se si le alcanza para la TI.
    No sabía que ahora los CPU alimentaban las GPU, lo que hay que leer

    Claramente el nivel de equilibrio en escalabilidad de GPUs es 2, lo que no quita que se decida incrementar el número de GPUs con el tiempo, bajo este último escenario recomendaría un TR 1900, es el más básico de TR4, pero tiene la misma capacidad de pci-e lanes que sus hermanos mayores, permitiendo manejar la misma cantidad de GPUs y a un precio equilibrado (en USA ya roza los 300 dólares).


    Repecto a la elección de GPU, puede que 2 1080 rindan más que una 1080 Ti y sea más equilibrado en precio rendimiento, pero esto ya es tarea del OP, y espero nos cuente a que conclusión llegó.

    Que bueno que leíste el link que dejé, hace bien leer.

    Saludos!

  14. #14
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Claro como tu no leistes nada,asi que te lo pongo en negritas.
    "The multi-GPU scaling in this table is not surprising since this code is CPU bound when so many GPU's are used. What is surprising, is that nearly 6 nano-seconds of dynamics simulation for this million atom system can be achieved in 1 day on a single node. That is very good! The plot below will better illustrate the scaling.

    Fitting the data to an Amdhal's Law curve gives a parallel fraction of P = 0.70. [That means that the maximum speedup achievable is unlikely to exceed 1/(1-P) = 3.3 with any number of GPU's in the system.] More CPU performance to balance the GPU's would likely be needed to get better overall scaling."

    Y estamos hablando que son 2 xeon 8120, nada menos que 56 cores/112 Threads no son capaces de alimentar eficientemente con datos mas de 2 GPU.

    En fin, para el OP si le interesa puede mandarme un mp indicadome una guia de como instalar namd en linux y algun modelo chico que quiera probar. Puedo correr dichas pruebas un dual xeon 2630v4, dual xeon 4110 y tmb un ryzen 2600 con gtx1060.

  15. #15
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Ya empezaron a pelear... Si al final el cabro va a comprar el Mac más caro que pueda comprar con 2 palos

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  16. #16
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    Re: Ayuda PC/Servidor para bioinformática

    Cita Iniciado por Soujiro Ver mensaje
    Claro como tu no leistes nada,asi que te lo pongo en negritas.
    "The multi-GPU scaling in this table is not surprising since this code is CPU bound when so many GPU's are used. What is surprising, is that nearly 6 nano-seconds of dynamics simulation for this million atom system can be achieved in 1 day on a single node. That is very good! The plot below will better illustrate the scaling.

    Fitting the data to an Amdhal's Law curve gives a parallel fraction of P = 0.70. [That means that the maximum speedup achievable is unlikely to exceed 1/(1-P) = 3.3 with any number of GPU's in the system.] More CPU performance to balance the GPU's would likely be needed to get better overall scaling."

    Y estamos hablando que son 2 xeon 8120, nada menos que 56 cores/112 Threads no son capaces de alimentar eficientemente con datos mas de 2 GPU.

    En fin, para el OP si le interesa puede mandarme un mp indicadome una guia de como instalar namd en linux y algun modelo chico que quiera probar. Puedo correr dichas pruebas un dual xeon 2630v4, dual xeon 4110 y tmb un ryzen 2600 con gtx1060.
    Que pajita, lee lo que pusiste en negrita, piensa y si gustas respondes, si no, lo entenderé.

    Que bueno que ya dejaste de pensar en recomendar el CPU más poderoso de la tierra, siendo que con GPUs se puede obtener mejor resultado por menos inversión, hace rato que las GTX rinden muy bien en ámbito profesional, dejando de lado a las carisimas Quadro.

    Cita Iniciado por cristianhcd Ver mensaje
    Ya empezaron a pelear... Si al final el cabro va a comprar el Mac más caro que pueda comprar con 2 palos

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