Realmente no te entendi mucho. Pero si quieres tirar cualquier cosa a una eeprom necesitas un programador. Para saber cuales son los pines, mira el datasheet de la memoria (
http://ww1.microchip.com/downloads/e.../20005022C.pdf).
Una eeprom (en este caso una flash) es una simple memoria que vee todo como un stream de datos. La misma no vee ningun tipo de dato o largo de las variables que alli guardes. Todo eso se hace por el lado del firmware que implementes para leer/escribir la memoria.
Ignoro que planeas hacer o como vayas a usar la flash, pero el formato hex intel bajo avr es mas o menos asi:
:[DIRECCION_DE_LOS_DATOS][DATOS][CRC8(DIRECCION+DATOS)]
ej:
:20000000E41BBF800100CD00D42BBF800100B700FE01BF800 100B0009C63BF800100B600FA
Direccion: 20000000
Datos: E41BBF800100CD00D42BBF800100B700FE01BF800100B0009C 63BF800100B600
CRC8: FA
Y se repite hasta hasta completar el tamaño completo de la memoria.