elimina el 404 personalizado y debería tirarte el 404 del apache
No tengo idea cómo estará compuesto wp, pero dentro del skin debería haber un archivo llamado 404.html / 404.php o algo parecido
En caso de que no esté, vas a tener que meterte a la conf. de wp para ver dónde y cómo llama a ese 404
Saludos !!